Pemisahan Kepolisian Nasional Indonesia (POLRI) dari militer (ABRI, kini TNI) pada 1999 mengalihkan peran keamanan dalam negeri dari angkatan bersenjata kepada POLRI. Di satu sisi, POLRI memiliki peran yang lebih besar dalam keamanan internal, khususnya dalam penanggulangan terorisme. Namun di sisi lain, TNI terus berupaya menegaskan kembali dominasinya di bidang kontra-terorisme. Studi-studi sebelumnya menempatkan isu ini dalam konteks awal demokratisasi. Artikel ini berupaya menambah kontribusi dengan menyoroti perkembangan terbaru, khususnya munculnya kelompok teroris baru dan legislasi kontra-terorisme mutakhir. Penulis berargumen bahwa rivalitas institusional antara POLRI dan TNI, serta tekad militer untuk merebut kembali peran lebih besar dalam keamanan domestik, justru menjadi penghambat bagi keberhasilan upaya kontra-terorisme. Artikel ini juga menelaah perkembangan reformasi militer dengan latar belakang pengaruh militer yang tidak proporsional dan semakin menguat.